W obliczu niebezpieczeństwa najazdu mongolskiego władze Tybetu zaufały przeorowi klasztoru Sakja pandicie Kun-dga'-rgjal-mc-anowi zwanemu również San Panem i powierzyły mu misję pertraktowania z najeźdźcą mongolskim. W zawartym z nieprzyjacielem układem doszło do militarnego i politycznego poddaństwa kraju.
Jednocześnie przeorowi udało się wynegocjować pełnienie funkcji przedstawiciela Mongołów w Tybecie. W taki oto sposób doszło do sprawowania władzy nad całym krajem z Sakji. Po przyjęciu przez naród mongolski buddyzmu pod wpływem San Pana i lamów doszło do religijnego uzależnienia się mongolskich chanów od hierarchów lamajskich.
W efekcie doprowadziło to do wzrostu hegemonii klasztorów i duchowieństwa w Tybecie, a dawny antagonizm między duchowieństwem a, szlachta trwał nadal. Po przejęciu władzy świeckiej przez V Dalajlamę doszło do ostatecznego upadku małych księstw lokalnych w Sakji i Gjance.
Legenda o założeniu klasztoru Sakja wspomina wielkiego świętego lamaizmu Atisę uważnego za poprzednika Cong-k'a-py. Nazwę klasztoru Sakja można tłumaczyć jako "płowa ziemia, jasnoszara ziemia". Wskazuje to na wyraźnie jaśniejsze pole na ścianie skalnej niedaleko klasztoru północnego. Tam właśnie Atisa miał zobaczyć siedem wersji świętej sylaby dhi, która symbolizuje bodhisattwę mądrości Mańdźuśriego. Sam klasztor północny obecnie leży w gruzach, a odbudowana została tylko jedna nowa stupa.
Ponieważ w szkole Sakjapa jednej z najważniejszych szkół Czerwonych Czapek nie obowiązywał celibat, w klasztorze Sakja w przeciwieństwie do innych klasztorów i funkcji religijnych funkcja przeora była dziedziczna. Sytuacja to doprowadziła do powstania jak gdyby państwa w państwie.
Do roku 1950 Sakja utrzymywała daleko idąca samodzielność, wpływ Lhasy był tu znacznie ograniczony. W granicach państwa Sakji uchodźcy mogli czuć się bezpieczni. Ówczesne księstwo Sakja miało powierzchnię 3,5 tys kilometrów kwadratowych. Władza świecka i duchowa skupiona była w rękach przeora uważnego za reinkarnację Mańdźuśriego. Przeorzy mianowali namiestnika, który w ich imieniu sprawował władzę świecką. W roku 1960 został stracony przez Chińczyków ostatni z miejscowych namiestników wywodzący się z rodziny szlacheckiej. Z około 1600 mieszkańców ówczesnego księstwa połowa mieszkała w mieście Sakja.