Indonezja słynie ze swej dżungli pełnej zwierząt i bujnej roślinności. Archipelag ciągnący się ze wschodu na zachód około 5000 km to jednak nie tylko las równikowy wilgotny. Liczne gatunki zwierząt i roślin na wiele sposobów przystosowały się do zróżnicowania środowiska naturalnego, a czasem nawet warunków ekstremalnych.
Naturalną szatą roślinną osłoniętych wybrzeży wysp są bagna namorzynowe z wyłaniającą się w czasie odpływów plątaniną korzeni drzew i błotnistym podłożem. Lasy namorzynowe ustępują dalej od brzegu miejsca innym formom bagiennym i torfowiskom. Dla odmiany na otwartych wybrzeżach spotyka się skalne klify, o które niestrudzenie biją morskie fale. W głębi lądu występują liczne typy lasów, których rozmieszczenie warunkują takie czynniki, jak rodzaj gleby czy nachylenie terenu. Przykładem mogą tu być lasy na terenach wapiennych, lasy na glebach bogatych w kwarc oraz lasy na glebach silnie zasadowych. Gdy niziny przechodzą w góry, drzewa stają się niższe, skarłowaciałe, poszycie mniej bujne, szata roślinna zaczyna przypominać lasy z krajów o klimacie umiarkowanym.
W najwyższym punkcie Irianu Zachodniego, na szczycie Jaya (5039 m n.p.m.), jest tak zimno, że nic występują tam żadne trwale formy przyrody ożywionej. W Indonezji Wschodniej, w rejonach o niskiej średniej opadów, można znaleźć typy środowiska naturalnego, które wydają się być całkowicie obce dla położonego w strefie równikowej archipelagu, takie jak sawanna czy lasy o drzewach gubiących liście.
Poza tym występują w Indonezji tereny, których krajobraz nosi wyraźne znamiona działalności człowieka. Są to kolczaste zarośla i łąki oraz dużą grupa ekosystemów rolniczych obejmujących plantacje, systemy tarasowych pól ryżowych oraz mozaikę zagonów uprawnych i ugorów powstałych w wyniku wypalania lasów. Wykorzystanie ziemi różni się bardzo na poszczególnych wyspach Indonezji, zależnie od stopnia ich zagospodarowania, co dodatkowo zwiększa odmienność między poszczególnymi regionami kraju.
