Dżakarta stanowiła centrum i administracyjne Indonezji już w XVII wieku. Na terenie "starej Dżakarty", określanej dziś jako Kola, istniały na przestrzeni dziejów co najmniej trzy miasta. Pierwsza znana osada nazywała się Sunda Kelapa. Była najważniejszym portem ostatniego hinduskiego królestwa Zachodniej Jawy, rządzonego przez dynastię Pajajaran. Warto odnotować znamienny fakt, że osada ta była miejscem pierwszego kontaktu Jawy z Europejczykami. W 1522 roku dotarli tutaj Portugalczycy. W pięć lat później Sunda Kelapa została zdobyta przez muzułmańskiego generała Demaka, który nazwał miasto Jayakarta (czyt. Dżajakarta), co po jawajsku znaczy "zwycięski". Z tych czasów nie pozostał w mieście żaden namacalny, materialny ślad. Z początkiem XVII wieku kupcy Holenderscy, jak również angielscy, założyli na terenie dzisiejszej Dżakarty faktorie handlowe. Był to wiek brutalnej rywalizacji ze sobą potęg kolonialnych. Intrygi prowadzone przez Anglików wśród lokalnej ludności doprowadziły do zdobycia przez nich miasta. W twierdzy broniła się jednak dzielnie załoga Holenderskiej Wschodnioindyjskiej Kompanii, która ochrzciła miasto imieniem Batawia. W maju 1619 roku, Holendrzy pod wodzą Jana Pieterszoona Coena zdobyli miasto i zrujnowali je zupełnie.
Wybudowano znacznie bardziej potężną twierdzę i Batawia stalą się stolicą Holenderskich Indii Wschodnich. Mimo ataków wojsk sąsiadujących indonezyjskich państw Banten i Mataram w roku 1628, i ponownie w 1629, nigdy nie została ona zdobyta przez Indonezyjczyków.
Dzięki wybudowaniu systemu kanałów i osuszeniu bagien, Batawia zaczęła się szybko rozwijać. Potęga kolonialna, Holendrów przyciągała zarówno Indonezyjczyków, jak i Chińczyków. Szybki wzrost liczby ludności pochodzenia chińskiego spowodował falę niepokojów społecznych. W 1740 roku doszło do wielkiej masakry Chińczyków. W rok później pozostałych przy życiu przesiedlono do Glodok, który leżał poza obrębem murów miejskich i który dziś stanowi jedną z dzielnic Wielkiej Dżakarty. W latach 1735-1780 po serii poważnych epidemii spowodowanych przeludnieniem, nastąpiła ekspansja terytorialna miasta na południe. W 1818 roku zakończono budowę placu znanego obecnie pod nazwą Placu Merdeka (Wolności).
Okupacja japońska Dżakarty w okresie II wojny światowej przywróciła miastu dawną nazwę "Dżakarta". Po proklamowaniu niepodległości przez Indonezję w roku 1945, nowe władze republikańskie wycofały się do Yogyakarta, po tym jak wojska holenderskie ponownie wkroczyły do miasta. Rząd wrócił do Dżakarty dopiero w 1950 roku, kiedy to Holandia, po okresie ciężkich zmagań zbrojnych z Indonezyjczykami uznała niepodległość nowej republiki. Dżakarta została proklamowana stolicą kraju. W 1945 roku Dżakarta liczyła niespełna milion mieszkańców, dziś mówi się o prawie dziesięciu milionach. Problem przeludnienia Dżakarty był zignorowany. Sukarno skupiał swoją uwagę na budowie monumentalnych gmachów i stawianiu socrealistycznych pomników. Rządy generała Suharto zamiast próbować poprawić sytuację najbiedniejszych mieszkańców Dżakarty, koncentrowały swoją uwagę na wielu chybionych projektach.
Podobnie jak cala Indonezja, Dżakarta jest zadziwiająco bezpiecznym miastem dla obcokrajowców. Chodzenie nawet nocą po głównych ulicach Dżakarty nie grozi żadnym niebezpieczeństwem. Napady na obcokrajowców się zdarzają rzadko.
