Małe Wyspy Sundajskie tworzy łańcuch wysp rozciągających się na wschód od Jawy. Małe Wyspy Sundajskie mają klimat suchszy niż Bali, nie stwarzają więc sprzyjających warunków cło rozwoju rolnictwa i są słabo zaludnione. Choć ich szata roślinna nic zachwyca bujnością i bogactwem gatunków, są one atrakcyjne same w sobie.
Klimat, niewielkie rozmiary wysp, znaczna odległość od kontynentów Azji i Australii, to czynniki, które sprawiły, iż flora Małych Wysp Sundajskich ustępuje pod względem różnorodności gatunków większym i wilgotniejszym wyspom na wschodzie oraz zachodzie. Wyraźne są tu wpływy fory australijskiej. Na zachód, aż po wyspę Flores, występują eukaliptusy, a w całym archipelagu spotyka się różne gatunki akacji, niektóre sprowadzone przez człowieka. Poza tym na Timorze, Sumbie i okolicznych wyspach rośnie sandałowiec. W górzystych partiach wysp nie spotyka się tak typowych dla innych części Indonezji wilgotnych lasów górskich. Zwracają również uwagę dwie niezwykle wysokie palmy, wachlarzowiec leśny i borasus wachlarzowaty, których pióropusze górują nad otoczeniem.
Wschodni Timor ma bardzo skromny areał lasów, ale w niektórych miejscach zachowały się naturalne stanowiska tak ważnych drzew, jak sandałowiec. W głębi wyspy szatę roślinną stromych zboczy górskich w równym stopniu kształtują warunki naturalne, jałowa gleba, długa pora sucha, mała ilość deszczów, jak również zwyczaje i działania ludzi. Pożary w porastających lasy górach, czy to wzniecane, czy przypadkowe, oznaczają zawsze więcej jedzenia i miejsca dla stad bydła, kóz i owiec. Resztki dziewiczych lasów w głębi wyspy znajdują się pod stałym naporem pasterzy, pragnących za wszelką cenę zapewnić swym zwierzętom dostatecznie rozległe pastwiska. Nie miało to większego znaczenia, gdy na wyspie było niewielu mieszkańców. Jednak wraz ze wzrostem zaludnienia, a co za tym idzie pogłowia zwierząt hodowlanych, okazało się, że odwieczne praktyki pasterzy grożą degradacja środowiska naturalnego wyspy.
Sandałowiec biały (Santuliun album), znany z eterycznego olejku sandałowego, jest przedstawicielem rodzimej flory Małych Wysp Sundajskich. Od ponad tysiąca lat ludzie wykorzystywali drewno i olejek sandałowca. Szczególna, karierę drzewo zrobiło w Indiach, gdzie sprowadzili je kupcy sprzedający wonności, pachnące szkatułki i trociczki.
Sandałowiec to drzewo średniej wielkości, rosnące na suchych terenach sawannowych. Z racji posiadania przyssawek korzeniowych, którymi przyczepia się do systemów korzeniowych innych drzew jest on półpasożytem. Naturalne stanowiska sandałowca zachowały się na Sumbie, Flores i Timorze (zwłaszcza we wschodniej części wyspy). Większość tych drzewostanów podlega eksploatacji. Z pni drzew wybiera się twardziel, z której następnie odciąga się gęstą, żółtą ciecz używaną do kadzideł, wyrobu perfum i lekarstw. Po ścięciu starych drzew nowe rosną na dwa sposoby: albo z pędów wyrastających zpowalonych pni, albo z nasion. Niestety, i kiełki, i pędy są całkowicie bezbronne wobec często szalejącego na sawannie ognia, jak również wobec pasących się stad bydła. Dochodzą to tego częste przypadki niekontrolowanego wyrębu, można mieć więc poważne obawy, czy wkrótce lasy sandałowca nie znikną z Sumby, Timoru, Flores.
Charakterystyczne dla krajobrazu Małych Wysp Sundajskich są dwie palmy: borasus wachlarze waty (Borusmts flaiwttifer) i wachlarzowicc leśny (Cwypha utttti). Borasus wachlarzowaty, zwany też winną palmą, występuje na terenach o klimacie suchym w całej południowo-wschodniej Azji, jak również w Indiach, Indochinach, Australii i Afryce. Bardzo łatwo jest go rozpoznać po skupionych na szczycie pnia, wachlarzowatych liściach o niebiesko-zielonym zabarwieniu. Liście te zapewniły sobie trwale miejsce w indonezyjskiej historii. Na nich to bowiem spisywano pierwsze księgi zanim Portugalczycy sprowadzili do Indonezji papier. Liście, drewno i owoce lej palmy wykorzystywane są na mnóstwo sposobów, największe znaczenie gospodarcze ma jednak sok wypływający z naciętych męskich kolb kwiatowych, z którego otrzymuje się cukier. Sok zbiera się w bambusowe naczynia, następnie powoli gotuje, aby odparować wodę, aż wreszcie w naczyniu postaje tylko lepki, brązowy cukier. Owoce tego drzewa przypominają małe, czarne orzechy kokosowe i mają smaczny, słodki miąższ.
Wachlarzowiec leśny ma mniejsze owoce i jest palmą znacznie potężniejszą od bomsusa wachlarzowatego. Podstawy liści pozostają na drzewie przez pewien czas, co sprawia, że kłodzina poniżej korony ma charakterystyczną, postrzępioną powierzchnię. Wachlarzowate liście osiągają 2 m szerokości i wyposażone są w długie, kolczaste ogonki. Również liście tego wachlarzowca spełniały niegdyś funkcję papieru, uważano je jednak za cenniejsze od liści borasusa i rezerwowano wyłącznie na dokumenty wielkiej wagi. Potężny kwiatostan palmy należy do największych na świecie, osiąga wysokość około 5 m i średnicę 10 m. Miliony jego kwiatów wydają setki tysięcy drobnych owoców.
Podobnie jak flora, tak i fauna Małych Wysp Sundajskich nie zachwyca różnorodnością gatunków, wyraźnie też widoczna jest tendencja ubożenia świata zwierzęcego wraz z posuwaniem się na wschód. Awifauna Małych Wysp Sundajskich zdradza wyraźne związki regionu z kontynentem Australii. Powszechnie występują papugi, kakadu i miodojady.
Na wyspach żyje również 8 ssaczych endemitów: 4 nietoperze owocożerne, 2 nietoperze owadożerne, jedna ryjówka i tzw. szczur drzewny. Niemal wszystkie większe ssaki zamieszkujące dzisiaj wyspy, takie jak małpy, wiwery, świnie, czy jelenie zostały przed wiekami sprowadzone przez człowieka. Wyjątek stanowią dwa gatunki kus-kusów z Timoru. Wody oblewające wyspy stanowią, szlaki migracji różnych gatunków wielorybów. Spośród 17 gatunków endemicznych gadów warto wspomnieć rzadko występującego pytona limorskiego, którego terenem występowania są łąki i niezbyt gęste lasy. Jednak najsłynniejszym gadem Małych Wysp Sundajskich jest potężny waran z Komodo, zwany też smokiem z Komodo.
Na wschód od Flores znajdują się dwie małe wysepki, Lomblen i Solor, leżące dokładnie w poprzek wielkiego szlaku migracji wielorybów, pływających tam i z powrotem po morzach południowych. Położone na wyspach wioski rybackie są o tyle niezwykle, że mieszkający w nich rybacy co roku na pewien czas przeistaczają się w wielorybników.
Największy zwarty kompleks lasów pozostał na Sumbie, jednak na prawie wszystkich wyspach rosną większe lub mniejsze skrawki lasu. Większość z nich to lasy monsunowe z jedną wyraźną warstwą drzewostanu. Występuje w nich kilka gatunków drzew, kilka pnących trzcinopalm i epifitów, takich jak storczyki czy paprocie. Wśród drzew typowych dla lasów Małych Wysp Sundajskich należy wymienić wytwarzające strąki: akacje, strączyńce czy kostrączynę szerokolistną. Obok nich występują dwa znane gatunki drzew wprowadzonych sztucznie, powidnik indyjski i drzewo tekowe. Obie rośliny tak dobrze czują się w klimacie monsunowym Małych Wysp Sundajskich, że nie tylko rosną na plantacjach, ale i przenikają do naturalnych drzewostanów.
