Trudno jest ogólnie opisać klimat Bhutanu. Panuje tu klimat górski, niezwykle zmienny w zależności od regionu. Zależy od wysokości, choć nawet na tej samej wysokości temperatura może znacznie zmieniać się w ciągu jednego dnia.
Na południu Bhutanu mamy do czynienia z klimatem zwrotnikowym monsunowym. Wschód kraju jest cieplejszy niż zachód. W środkowej części, w dolinach Punakha, Łangdu Phodrang, Mongar, Traszigang i Lhuntse panuje bardziej chłodny w zimie klimat podzwrotnikowy, natomiast w Haa, Paro, Thim-phu, Trongsa i Bumthangu zetkniemy się z dużo bardziej surowym klimatem, gdzie w zimie okazjonalnie występują opady śniegu. Północ kraju jest zamieszkiwana w lecie aż do wysokości 5 tys. metrów. Klimat jest tutaj ostry, w lecie padają deszcze monsunowe, a w zimie śnieg, który blokuje przełęcze prowadzące do dolin w środkowej części Bhutanu.
W tych dolinach, gdzie koncentruje się turystyka, zima (od końca października do połowy marca) jest bezdeszczowa, a temperatura w ciągu dnia, jeżeli świeci słońce, waha się od 16 do 18°C. Z kolei wieczory i poranki są chłodne, a nocą temperatura może spaść do -5°C, czy nawet -10°C. Śnieg pokrywa szczyty, natomiast w dolinach pojawia się dwa lub trzy razy w ciągu zimy i od razu topnieje.
Od połowy marca do początku czerwca panuje wiosna, a temperatury wzrastają i w maju osiągają 27-29°C w ciągu dnia i 18°C w nocy. Jednak do końca kwietnia możliwe są nagłe ochłodzenia i na szczytach gór otaczających doliny może padać śnieg. Praktycznie codziennie od południa do godz. 18 wieje silny wiatr, który podnosi tumany kurzu, a zdarza się, że zrywa też dachy. Pojawiają się pierwsze burze, które w miarę zbliżania się monsunu, zaczynającego się w połowie czerwca, będą coraz częstsze.
Bhutan wtedy nawiedzany jest przez obfite deszcze, szczególnie na południu, które przyjmuje całą moc monsunu nadchodzącego od Zatoki Bengalskiej, a dla którego góry stanowią barierę. Jednak z wyjątkiem pierwszych monsunu, gdy na ogół pada bez przerwy, deszcze występują przede wszystkim późnym wieczorem i nocą. Temperatury lekko spadają (23-24°C w ciągu dnia, 15-16°C nocą), jednak przez chmury przedziera się często słońce, a dni są pogodne. Warto nadmienić, że w okresie od końca marca do końca września tylko przy dużym szczęściu można podziwiać piękne widoki na Wysokie Himalaje, na ogół jest to praktycznie niemożliwe. W ostatnim tygodniu września, kiedy kończą się obfite deszcze, nadchodzi jesień. Niebo nagle się przejaśnia czasem wieje wiatr, a temperatury nocą zaczynają spadać w okolice zera stopni, chociaż dni są w miarę cieple. Jesień to cudowna pora roku, która trwa do połowy listopada.
Trzy typy ukształtowania terenu, a więc himalajskie przedgórze na południu, Himalaje Środkowe z szerokimi dolinami i Himalaje Wysokie, odpowiadają trzem strefom klimatycznym, które można określić jako monsunowa, umiarkowana monsunowa i wysokogórska monsunowa. Taka różnorodność klimatyczna połączona z szeroką skalą wysokości czyni z Bhutanu kraj, gdzie występuje niezwykle bogata roślinność. Na obszarze jakichś 70 kilometrów znajdziemy usytuowany na wysokości 1300 m (Punakha) region pól ryżowych, bananowców i drzew pomarańczowych, następnie las liściasty, potem las subalpejski (Gasa) i wreszcie region, gdzie hoduje się jaki i gdzie rośnie jedynie jęczmień i zboże ozime (Łaja). Kilkumetrowe rododendrony, jałowce i magnolie, owadożerne kwiaty, rzadkie orchidee, mak niebieski, szarotki, goryczki i rośliny lecznicze, wawrzynek, olbrzymi rabarbar i wysokogórskie rośliny, drzewa tropikalne, jodły i dęby - Bhutan to prawdziwie botaniczny raj, a jedna z jego starodawnych nazw brzmiała ?południowe doliny leczniczych ziół".
Fauna również zmienia się w zależności od wysokości. Zwierząt tutaj nie brakuje, ponieważ ze względów religijnych większość Bhutańczyków ani nie poluje, ani nie łowi. Słonie, tygrysy, bawoły, jednorogie nosorożce i lamparty zamieszkują gęste dżungle na południu, natomiast w rzekach żyje maszir (masheer) - ryba porównywana czasem z tropikalnym łososiem. Himalaje środkowe to obszar, gdzie żyją bażanty i olśniaki (Tragopan satyra i Lophophorus impejanus), czerwone pandy (Ailurus fitlgens), langury (Presbytis geei), dziki (Sus scofra), daniele, a zwłaszcza groźne czarne niedźwiedzie himalajskie (Sclenarctos thibelanus). Piękne i dumne żurawie czarnoszje (Grus nighcollis) migrują z Tybetu, by spędzić zimę w oddalonych dolinach Gangtej i Bumdeling. Kruk (Corvus corax) to ptak narodowy. Wysokie opustoszałe tereny zamieszkują jaki (Bos gruniens), tary (Hemitragusjemlahkus), górale (Naenwrhedus goral), nachury (Pseudonayaur), piżmowce (Moschus chrysogaster) i bardzo rzadkie pantery śnieżne (Panthera uncia) oraz lakiny (Budorcas taxicolor) symboliczne zwierzęta.