Dumna stolica Inków
Jak głosi legenda, król Słońca Inti wysłał na ziemię swoje dzieci, aby głosiły jego chwałę oraz przyniosły mieszkańcom ziemi cywilizację. Manco Capac i Mama Ocllo wędrowali po świecie, a wszędzie, gdzie odpoczywali, wbijali w ziemię złotą tyczkę. Tam, gdzie tyczka zagłębiła się najbardziej, miała powstać stolica nowego "Państwa Słońca". Wybór padł na położoną w Andach żyzną dolinę rzeczną, leżącą na wysokości aż 3400 m n.p.m. Miasto zostało nazwane Cusco - "Pępek Świata".
W XI w. doszło do podporządkowania plemion tubylczych przez Manco Capaca. Cusco powstało około 1200 r., lecz szczyt jego rozwoju nastąpił za panowania dziewiątego Inki - Pachacuteca (1438-1471), który najpierw podbił lud Chanka, a w ciągu następnych 25 lat również większą część peruwiańskich Andów. Inka był nie tylko wielkim wodzem, ale i wielkim budowniczym. Za jego czasów miasto się bardzo rozwinęło. Doprowadził do rozbudowania kanałów pełniących funkcję systemu wodno-kanalizacyjnego i tarasów rolniczych, zmieniał bieg rzek Sapphi i Tullumayo oraz wzniósł wiele pałaców i świątyń, w tym słynną świątynię Słońca - Coricancha oraz pałac w zachodnim rogu obecnego Plaza de Armas. Szacuje się, że na tej wielkiej budowie pracowało przez 20 lat 50 000 ludzi. Ogromne głazy przesuwano prawdopodobnie na szynach z okrągłych, drewnianych bali za pomocą dźwigni, transportując je w ten sposób z odległych kamieniołomów do miasta. Potężne andezytowe lub granitowe bloki różnej wielkości dopasowywano do siebie i układano bez zaprawy w taki sposób, że powstawał mur prawie bez szczelin.
W wojnie domowej w 1532 r. Atahualpa pokonał swego przyrodniego brata Huáscara, co wykorzystał Francisco Pizarro, który po uwięzieniu, a następnie zamordowaniu Atahualpy zajął Cusco. Pizarro na władcę wytypował Inkę Manca Capaca II, jak się później okazało doskonałego stratega i polityka, który omal nie pokonał Hiszpanów. Ten właśnie władca zorganizował powstanie przeciwko kolonizatorom. Niestety, po krwawych i zaciętych walkach powstańcy przegrali. W czasie tego powstania Cusco zostało spalone przez Indian i następnie obrabowane przez Hiszpanów. Nigdy już nie odzyskało dawnego znaczenia, ponieważ w 1535 roku Pizarro założył Limę, która została stolicą wicekrólestwa.
W listopadzie 1533 roku hiszpańscy konkwistadorzy pod wodzą Francisca Pizarra zajęli bez rozlewu krwi stolicę inkaskiego imperium. Ze zdumieniem stwierdzili, że funkcjonalne rozplanowanie miasta i prostopadłe ulice przypominały układ, który dopiero rozwijał się w renesansowej Europie. Być może właśnie dzięki temu zdobywcy zaniechali całkowitego zniszczenia miasta.