W 1971 po wojskowym zamachu stanu władzę przejął generał I. Amin Dada, prezydent Obote zbiegł do Tanzanii. Zawieszono konstytucję, rozwiązano parlament, wydano zakaz działalności partii politycznych. W 1976 Amin Dada obwołał się dożywotnio prezydentem. Jego dyktatorskie rządy doprowadziły kraj do ruiny gospodarczej i politycznego chaosu. W 1972 wydalono z kraju wszystkich Hindusów mających obywatelstwo brytyjskie i upaństwowiono ich przedsiębiorstwa, co wywołało konflikt z Wielką Brytanią, a 1976-1977 doprowadziło do zerwania stosunków dyplomatycznych.
W polityce zagranicznej Uganda zbliżyła się do krajów arabskich, szczególnie Libii. Wskutek zaniechania poważniejszych reform gospodarczych, powtarzających się konfliktów z sąsiadami (m.in. z Kenią), podsycania przez rząd wrogości wobec cudzoziemców, gospodarka kraju upadła. Amin Dada, opierając się na armii, wprowadził rządy terroru (w okresie jego rządów śmierć poniosło ok. 300 tys. osób). 1978 oddziały ugandyjskie dokonały aneksji przygranicznego regionu Kagera w Tanzanii.
W 1979 w Ugandzie wybuchła wojna domowa. Wojska tanzańskie weszły do Ugandy, zajęły stolicę Kampalę i obaliły reżim Amina Dady, który ratował się ucieczką z kraju. W wyniku wyborów w 1980 urząd prezydenta objął Obote. Konflikty plemienne, rywalizacje międzypartyjne oraz masowe represje wobec przeciwników politycznych doprowadziły w 1985 do wojskowego zamachu stanu i przejęcia władzy przez generała T. Okello. Nowym prezydentem został Y. Museveni. 1986-1991 w Ugandzie toczyły się walki między partyzantami Obote, Amina i Okello, postępowała degradacja gospodarcza. Od 1987 trwała wojna domowa wywołana przez secesję regionu Acholiland.
W ostatnich latach widoczne są oznaki stabilizacji wewnętrznej oraz liberalizacji systemu politycznego i gospodarczego. W 1996 w pierwszych, od uzyskania niepodległości, wyborach prezydenckich wygrał Yoweri Museveni (reelekcja 2001).
W roku 2000 w ogólnonarodowym referendum Ugandyjczycy opowiedzieli się za utrzymaniem bezpartyjnego systemu politycznego, ale też za powrotem do wielopartyjności w 2005.