1964 Ruanda wprowadziła krajową walutę, likwidując trwającą od czasów kolonialnych wspólnotę ekonomiczną z Burundi. 1973 doszło do nowej fali zamieszek na tle konfliktu Hutu z Tutsi. Napiętą sytuację wykorzystał generał J. Habyarimana, organizując pucz wojskowy, który obalił urzędującego prezydenta. Nowe władze częściowo zawiesiły konstytucję, rozwiązały parlament, scentralizowały system zarządzania krajem.
1975 Habyarimana powołał Mouvement Révolutionnaire National pour le Développement (Narodowy Ruch Rewolucyjny na rzecz Rozwoju), odtąd jedyną legalnie działającą partię polityczną. 1978 po częściowym przywróceniu zasad systemu parlamentarnego Habyarimana przyjął tytuł prezydenta. W latach 1990-1991 działające z terytorium Ugandy jednostki Frontu Patriotycznego Ruandy (FPR, skupiającego głównie Tutsi) wznieciły wojnę domową.
W kwietniu 1994 zginął w wyniku zamachu w katastrofie samolotowej prezydent Habyarimana. Bezpośrednio po zamachu rozpoczęły się krwawe incydenty, które przekształciły się w wojnę domową. Utworzony rząd tymczasowy nie zapanował nad sytuacją, mimo że znaleźli się w nim także przedstawiciele Tutsi.
Rebelianci z FPR wkroczyli do stolicy, tocząc walki z oddziałami rządowymi. Trwały pogromy ludności Hutu, pod koniec kwietnia 1994 ONZ szacowało liczbę ofiar na 200 tys. osób. Setki tys. mieszkańców szukało schronienia za granicą, głównie w Tanzanii. W czerwcu 1994 FPR ogłosił zajęcie Gitaramy, do której wycofał się z objętego walkami Kigali rząd tymczasowy. 15 czerwca 1994 na szczycie Organizacji Jedności Afrykańskiej w Tunisie walczące strony podpisały oficjalne zawieszenie broni, walki trwały jednak dalej.
Dla obrony ludności cywilnej, za zgodą ONZ, 23 czerwca 1994 Francja rozpoczęła interwencję zbrojną. Utworzona przez oddziały interwencyjne na południu kraju strefa bezpieczeństwa nie była jednak respektowana przez bojowników FPR. W lipcu 1994 oddziały Tutsi zdobyły stolicę i kontynuowały podbój kraju. Do ostatniego kontrolowanego przez siły rządowe miasta Gisenyi i dalej do Zairu uciekło ponad 1 mln Hutu. 18 lipca 1994 FPR uznał wojnę za zakończoną i ogłosił jednostronne zawieszenie broni.
Powołany przez FPR prezydent (P. Bizimunga) i nowy premier (F. Twagiramungu) pochodzili z plemienia Hutu, co miało odsunąć podejrzenia o chęć wprowadzenia reżimu Tutsi. W sierpniu 1994 Francja wycofała swoje wojska z Ruandy, część uchodźców powróciła do kraju. Sytuacja w Ruandzie nadal jest nie ustabilizowana, dochodzi do krwawych incydentów między zwaśnionymi stronami.
W sierpniu 2003 odbyły się pierwsze wybory prezydenckie i parlamentarne od czasu walk w 1994 i w referendum została przyjęta nowa konstytucja.