Większość powierzchni Namibii zajmuje rozległy wewnętrzny płaskowyż, położony na wysokości 700-1500 m n.p.m. Jego najwyższym punktem jest szczyt Brandberg 2606 m n.p.m. Płaskowyż opada na zachodzie stromym progiem ku wąskiej nadbrzeżnej nizinie, gdzie rozciąga się pustynia Namib. Na południu płaskowyż ogranicza dolina rzeki Oranje, a od wschodu kotlina Kalahari.
Klimat Namibii to klimat zwrotnikowy. Na wybrzeżu, gdzie zaznacza się wpływ chłodnego prądu morskiego Prądu Benguelskiego, opady nie przekraczają 50 mm. W głębi lądu wzrastają i dochodzą do 500 mm we wschodniej części kraju. Z tego względu sieć rzeczna jest bardzo uboga, poza jedynie rzekami granicznymi: Oranje na południu, Kunene na północy oraz Kubango i Zambezi w północno-wschodniej części kraju, gdzie Namibia wcina się wąskim pasem zwanym Caprivi między terytoria Angoli, Zambii i Botswany. Główne miasto kraju, stolica Windhoek, znajduje się w centrum kraju. Inne ważne miasta położone są na wybrzeżu: Walvis Bay, Swakopmund, Oshakati, Grootfontein, Tsumeb i Keetmanshoop.
Na terenie Namibii znajdują się fragmenty pierwotnej pokrywy kontynentalnej, zwanej Pangeą, zbudowanej z twardych skał krystalicznych prekambru (ponad 500 mln lat). Od permu (około 280 mln lat temu) zaczęła on pękać i rozsuwać się, tworząc pod koniec triasu (około 200 mln lat) między innymi prakontynent Gondwana. Ale i on dalej rozpadał się, aż do trzeciorzędu.
Długotrwałe procesy wietrzenia niemal w całości zdarły młodsze skały, odsłaniając granitowy fundament. W miejscach pęknięć erozja wyżłobiła głębokie jary, z których najbardziej znany jest Kanion Rybiej Rzeki (Fish River Canyon), drugi co głębokości na świecie, na którego przebycie potrzeba pięciu dni. Można poznać w nim, jak w przekrojonym torcie, warstwy skalne mające ponad miliard lat! To jedno z nielicznych takich miejsc na świecie. Jednakże najstarsze skały, zaliczane do metamorfiku Vaalium w Kaokoveld i liczące 2,1 miliarda lat, zalegają w trójkącie Outjo – Kamanjab – Khorixas. W Namibii podziwiać można również największy na świecie meteoryt z metalu.