Udokumentowana historia Ekwadoru rozpoczyna się dopiero w XI w n.e. w okresie rywalizacji dwóch szczepów Indian Caras, żyjących na wybrzeżu i Quitus, żyjących w górach. Konsekwencją tych walk było podbicie Quitus przez bardziej wojowniczych Caras, dowodzonych przez Shiri. Całe wieki ekspansji plemiennych, wojny i sojusze zapoczątkowały ród Duchicela, który z powodzeniem sprawował władzę przez około 150 lat, do czasu, gdy na te tereny dotarli Inkowie.
Ważną datą był rok 1526, kiedy to władca Inków Huayna Capac wbrew tradycji podzielił swoje imperium pomiędzy dwóch synów, co doprowadziło do wielu konfliktów. Pomimo żarliwego oporu, Inkowie podbili region, w czym pomogły im też strategicznie zawierane małżeństwa. Król Tupa Inca Yupanqui włączył te tereny w granice państwa Inków w drugiej połowie XV w. Wojna o dziedzictwo nowego królestwa Inków osłabiła i podzieliła region tuż przed przybyciem hiszpańskiego najeźdźcy. Pierwsi kolonizatorzy wylądowali w Ekwadorze w 1526 r. W latach 1531-1533 hiszpańscy konkwistadorzy dowodzeni przez S. de Benalcaca podbili kraj, założyli miasta Quito i Guyaquil. Pizarro w 1532 r., siał terror wśród Indian przy pomocy koni i nowoczesnego uzbrojenia. Schwytano przywódcę Inków, Atahualpę, zażądano okupu, a następnie "osądzono" i stracono. W taki sposób zniszczone zostało imperium inkaskie. Obecnie na terenie Ekwadoru znajduje się tylko jedno zrujnowane osiedle inkaskie, a mianowicie Ingapirca na północ od Cuenca.
W 1536 Ekwador włączono do wicekrólestwa Peru, następnie, w 1739, do wicekrólestwa Nowa Granada. Ekwador był kolonią rolniczą, z wielkimi stadami bydła i uprawami bananów, na których miejscowi pracowali przymusowo.
Wraz z powstawaniem kreolskiej klasy średniej rozpoczęły się dążenia do wyzwolenia spod panowania Hiszpanów. Niepodległość została w końcu uzyskana przez Simona Bolivara w 1822 roku, w którym przegrały wojska hiszpańskie, a rozstrzygająca była bitwa pod Pichincha, w której wojskami walczącymi o niepodległość Ekwadoru dowodził generał A.J. de Sucre y de Alcata.
W następnych latach Ekwador na krótko przyłączył się do stworzonej przez Simona Bolivara republiki Wielkiej Kolumbii, by po jej rozpadzie, w maju 1830, ogłosić się niepodległym państwem. W niepodległym Ekwadorze przeprowadzono szereg postępowych reform społecznych, m.in. w 1852 zniesiono niewolnictwo, wprowadzono bezpłatne szkolnictwo podstawowe. W okresie tym rozwinięto infrastrukturę komunikacyjną kraju, budując wiele kilometrów linii kolejowych i dróg.
Przez ostatnie 100 lat zabójstwa i polityczna niestabilność wymuszały militarne interwencje, zaś wiek XX to częstsze panowanie wojskowych niż cywili. W 1941 roku Peru najechało Ekwador i zajęło większość terenów amazońskich.