W II tysiącleciu p.n.e. tereny obecnej Ugandy zamieszkiwali Buszmeni, wyparci przez napływające w I tysiącleciu p.n.e. i w I tysiącleciu n.e. rolnicze plemiona z grupy Bantu. W X-XI w. powstało państwo Kitwara. Przybyłe w XIV w. koczownicze plemiona nilockich Himów (Wahimów) podporządkowały sobie szczepy Bantu i założyły kilka państw feudalnych, z których największe znaczenie zyskały: Buganda, Bunjoro, Ankole i Toro. W XVIII-XIX w. hegemonię zdobyła Buganda, która narzuciła swe zwierzchnictwo pozostałym państwom.
W XIX w. Arabowie i sudańscy handlarze niewolników rozpoczęli eksploracja tych ziem. W 2. połowie XIX w., wraz z napływem kupców z Arabii, w kraju rozpowszechnił się islam i kultura arabska.
W 1879 przybyła pierwsza grupa misjonarzy brytyjskich, po nich pojawili się duchowni z Francji i Holandii. 1890 Wielka Brytania i Niemcy porozumiały się w sprawie podziału sfer wpływów w Afryce Wschodniej. W 1894 utworzono protektorat Ugandy, w skład którego weszło 5 królestw: Ankole, Buganda, Bunyoro, Busoga i Toro. Zgodnie z podpisaną przez oba mocarstwa umową helgolandzko-zanzibarską państwa Himów przyznane zostały Wielkiej Brytanii. 1894 brytyjska Kompania Wschodnioafrykańska objęła protektoratem Bugandę, z pozostałymi państwami Himów zawarto umowy gwarantujące Brytyjczykom znaczny wpływ na politykę wewnętrzną. Do 1909 obszar całej obecnej Ugandy objęty został protektoratem brytyjskim.
W początkach XX w. do kraju przybyło wielu Hindusów, którzy początkowo pracowali przy budowie linii kolejowych, a następnie zajęli kluczowe pozycje w handlu.
Po II wojnie światowej w Ugandzie zaczęły powstawać pierwsze afrykańskie organizacje polityczne, zdelegalizowane w 1949 za organizowanie wystąpień antykolonialnych. W 1952 powstał Narodowy Kongres Ugandy domagający się niepodległości, w 1955 - prawicowa Partia Demokratyczna, w 1958 - Narodowy Związek Ugandy. W 1960 Narodowy Kongres Ugandy przekształcił się w lewicowy Ludowy Kongres Ugandy (UPC).
W roku 1962 federacja Ugandy uzyskała niepodległość od Wielkiej Brytanii. W 1967 zniesiono historyczne monarchie. Konstytucja z 1993 przywróciła tradycyjny podział południowej części kraju na królestwa.
9 października 1962 proklamowano niepodległość w ramach brytyjskiej Wspólnoty Narodów. W 1963 kraj ogłoszono republiką, na pierwszego prezydenta wybrano króla Bugandy, Mutesa II, urząd premiera objął szef partii UPC, M. Obote. Uganda miała charakter państwa federalnego - Buganda, Bunjoro, Ankole i Toro posiadały odrębne organy ustawodawcze. W 1966 Obote zorganizował przewrót wojskowy, który obalił urzędującego prezydenta. Wydana w 1967 nowa konstytucja zniosła federacyjny charakter państwa likwidując odrębność państw Himów. W 1969 Obote wprowadził jednopartyjne rządy UPC, ogłosił program nacjonalizacji przemysłu i handlu, nawiązał współpracę z krajami komunistycznymi.