Archipelag o ogólnej powierzchni 7,882 km2 składa się z wielu wysp, wysepek i skał, z czego 13 - to większe wyspy, o powierzchni pow. 10 km2, 19 wysepek ma powierzchnię pow. 1 km2, a 42 wysepki są mniejsze niż 1 km2. Największą wyspą jest Isabela o powierzchni 4,588 km2 wznoszącą się do wysokości 1707 m n.p.m. i Darwin - najmniejsza , o powierzchni - 1.1 km2 ze wzniesieniem 168 m. Długość linii brzegowej wynosi 1336 km. Najstarsze wyspy archipelagu liczą około 4 milionów lat, a najmłodsze są jeszcze w procesie tworzenia. Wyspy Galápagos to jeden z najbardziej aktywnych obszarów wulkanicznych na świecie, który wynurzył się z morza i nigdy nie miał połączenia z kontynentem. Początkowo była to jedna duża wyspa, która z czasem w wyniku ruchów tektonicznych rozpadła się na mniejsze. Archipelag jest zamieszkany przez około 18,5 tys. ludzi (2001).
Archipelag był znany po wieloma nazwami, np. (Las Encantadas) "Zaczarowane Wyspy", nazwę tę nadał im w połowie XVI w. kapitan Diego de Rivandeira gdyż sądził, że dryfują po morzu. Pierwszą mapę wysp wyrysował pirat Ambrose Cowley w 1684 i tam ponadawał poszczególnym wyspom nazwy od nazwisk kilku swoich piratów albo nazwami rodów po angielskich szlachcicach, którzy pomogli piratom. Hiszpańska nazwa "Archipelago de Galápagos" albo "Islas Galápagos" pochodzi od słowo "galápago" czyli "żółw" i wiąże się z zamieszkującymi Wyspy żółwiami słoniowymi, będącymi jednymi z największych żółwi na świecie. Inne, choć znacznie mniej popularne nazwy to "Archipelago de Colon" - nadana w 400. rocznicę odkrycia Ameryki przez Krzysztofa Kolumba, oraz "Archipelago de Ecuador" nadana po przyłączeniu do Ekwadoru w 1832 roku. Klimat wyspy stanowią dwie pory roku: sucha (trwająca od lipca do grudnia) i deszczowa (trwająca od stycznia do czerwca).
Archipelag Galapagos został odkryty przypadkiem 10 marca 1535 r. przez biskupa Panamy Tomasa de Berlanga, który wybrał się w podróż statkiem do Peru by załatwić spór między Francisco Pizarro a jego podporucznikami, jaki rozgorzał po podboju Inków. Płynąc w niedalekiej odległości od brzegów był już bliski celu żeglugi, gdy nagle wiatr ucichł. Statek biskupa podryfował unoszony silnym prądem morskim na pełny Pacyfik. Zaczęło brakować wody pitnej a nie zanosiło się na deszcz, gdy oczom załogi wyłoniły się nad widnokręgiem z oceanu wysokie szczyty Galápagos.
Z tej niezwykłej podróży biskup napisał sprawozdanie do króla Karola V. Opisał w nim wielkie żółwie, legwany i ptaki. Zwrócił uwagę, że zwierzęta te nie czują lęku przed człowiekiem. Narzekał na brak wody, dzięki czemu większość wysp pozostała niezamieszkana do dzisiaj.
Galapagos ma źródło w hiszpańskim słowie określającym siodło lub żółwia o skorupie w kształcie siodła. Wyspy po raz pierwszy pojawiły się na mapie w 1570 roku, ale ich dokładną mapę sporządził dopiero Ambrose Cowley w 1684 roku. Następnie w XVI w. do Galapagos docierali Hiszpanie, a później wyspy stały się schronieniem i bazą wypadową dla piratów angielskich wyprawiających się na wracające z Nowego Świata statki hiszpańskie i portugalskie. W XVIII w. archipelag był kryjówką dla nielegalnych angielskich przemytników oraz łowców wielorybów i uszatek. Cennym źródłem pożywienia były zwłaszcza olbrzymie żółwie. Zwierzęta te były dla nich doskonałym zapasem świeżego mięsa, bowiem przez około rok mogą nie pić i nie jeść (odznaczają się bardzo wolnym metabolizmem). Marynarze zapełniali nimi ładownie i szacuje się, że w okresie 1500 - 1800 r. zabito ponad 100 tys. tych wielkich gadów. W latach następnych (do roku 1868) zabrano z wysp kolejnych 10 000 osobników.
Wyspy Galapagos zasłynęły dzięki Karolowi Darwinowi, który przybył na archipelag w 1835 roku na pokładzie HMS Beagle, pod dowództwem Roberta FitzRoy'a. Odkrycia, których Darwin dokonał na Galapagos i badania endemicznej, niezmienionej przez ewolucję fauny archipelagu przyczyniły się do sformułowania teorii ewolucji i wydania pracy o pochodzeniu gatunków i doborze naturalnym.
W roku 1832 Wyspy Żółwie zostały przyłączone do Ekwadoru i z tej okazji nadano im nazwę "Archipelago de Ecuador".
Podczas II Wojny Światowej ze względu na strategiczne położenie w pobliżu Kanału Panamskiego rząd Ekwadoru zezwolił USA założyć bazy morskie US Navy na wyspach Hood i Południowa Seymour. W latach 1946-1959 wyspy były siedzibą karnej kolonii.
Najnowsza historia Wysp Żółwich rozpoczęła się w 1959 roku, gdy powstał Park Narodowy Galapagos. W 1998 roku powstał z kolei Rezerwat Morski Galápagos chroniący wody okalające wyspy. Od 1978 roku wyspy znajdują się na liście światowego dziedzictwa UNESCO. Na Wyspie Santa Cruz znajduje się Centrum Badawcze im. Karola Darwina, zajmujące się między innymi rozmnażaniem wielkich żółwi.
Wyspy Galapagos są wulkanicznego pochodzenia i powstały między 4 a 5 milionów lat temu. Podstawowym składnikiem skał tego archipelagu jest bazalt, który jako skała ciekła wylewał się z wulkanów i tworzył zaokrąglone wzgórza. Do wylania magmy z wnętrza Ziemi i powstania lądu oraz wulkanów przyczyniło się odsuwanie płyty kontynentalnej Nazca od płyty Kokosowej w kierunku południowo-wschodnim. Archipelag nigdy nie był połączony z Ameryką Południową, czego skutkiem jest występowanie wielu osobliwych gatunków roślin i zwierząt oraz brak gatunków charakterystycznych dla Ameryki Południowej.
Galapagos ze względu na położenie na równiku charakteryzują dwie pory roku: sucha (trwająca od lipca do grudnia) i deszczowa (trwająca od stycznia do czerwca).
Wpływ zimnego Prądu Peruwiańskiego powoduje, że mimo położenia wysp na równiku panuje tu klimat równikowy chłodny i suchy. Temperatura powietrza rzadko przekracza 27°C w ciągu dnia. Wyspy opływa zimny prąd morski, dzięki któremu upały nie są tu tak dokuczliwe.
Wyspy mają dość dużą wysokość względną, a najwyższym szczytem jest Góra Azul o wysokości 1689 m n. p. m. Nadbrzeżne niziny porośnięte są znoszącym duże zasolenie lasem namorzynowym. Powyżej znajduje się sucha strefa porośnięta wysokimi kaktusami, a im wyżej tym wilgotniejszy jest klimat i bogatsza roślinność. Powyżej strefy kaktusów znajduje się region wilgotnych lasów równikowych. Wyższe tereny porośnięte są drzewami pokrytymi endemicznymi (charakterystycznymi jedynie dla danego regionu) mchami oraz różnymi gatunkami orchidei. Dodatkowo na tylko na wyspach Santa Cruz i San Cristrobal znajduje się strefa krzewów i paproci. Najwyższe piętro stanowią trawy i endemiczne paprocie.
Nazwa nadana by uczcić patrona żeglarzy Św. Krzysztofa, angielska nazwa wyspy wywodzi się od angielskiego rodu Chatham. Obszar wyspy wynosi 558 km2 a najwyższy punkt wznosi się do 730 m n.p.m. Wyspę zamieszkują fregaty, lwy morskie, żółwie słoniowe, niebieskonogie i czerwononogie głuptaki, faetony, legwany morskie, delfiny, mewy widłosterne. Największe jezioro wody słodkiej na archipelagu, "Laguna El Junco" leży w pogórzu San Cristóbal. Stolica archipelagu - Puerto Baquerizo Moreno jest ulokowana przy południowym końcu wyspy.
Nazwa nadana na cześć Hiszpanii, angielska nazwa wyspy wywodzi się od angielskiego rodu Hood. Wyspa ma obszar 60 km2 i maksymalną wysokość 206 m n.p.m. Jest najstarszą wyspą - jej wiek szacowany jest na 3 - 5 milionów lat Gnieżdżą się na niej albatrosy, myszołowy galapagoskie, składają jaja morskie żółwie, głuptaki maskowe i niebieskonogie, legwany morskie, rekiny, lwy morskie, mewy widłosterne, zięby, żółwie słoniowe, ptaki morskie faetony. Na wyspie żyją endemiczne pstre iguany - jedyne w całym archipelagu. Lawa na brzegu uformowała szczeliny, przez które tryska wysoko w powietrze woda kiedy fale uderzają w skały. To najbardziej na południe wysunięta wyspa archipelagu.
Nazwę swą wywodzi od miasta w Hiszpanii. Ma obszar 24 km2 i maksymalną wysokość 259 m n.p.m. Kaktusowe lasy opuncji i palo santo są tu największe z całego archipelagu. Wystawione na działanie atmosferyczne urwiska dostarczają kryjówek mewom widłosternym i faetonom białosterne. Legwany lądowe i jaszczurki lawowe są liczne. Na brzegach malowniczej turkusowej laguny wylegują się morskie lwy.
Nazwa od miasta Genui we Włoszech gdzie urodził się Krzysztof Kolumb. Wyspa ma obszar 14 km2 i maksymalną wysokość 76 m n.p.m. Jest najbardziej wysuniętą na północny-wschód wyspą archipelagu, będącą kalderą wulkanu Nazywana również ptasią wyspą gdyż wystepują tu liczne gatunki ptaków. Przy zatoce Darwina można zobaczyć fregaty, mewy widłosterne, czerwononogie głuptaki, głuptaki zamaskowane, piloty czerwone dzioby, rybitwy brunatne, galapagoskie mewy, faetony, gołębie, nawałniki i zięby Darwina. Na wyspie żyją też foki, lwy morskie i iguany. Roślinność typowa dla rejonów półpustynnych - kaktusy, drzewa palo santo, krzewy kolczaste.
Nazwana na cześć Juan'a Jose Flor, pierwszego prezydenta Ekwadoru, za którego rządów archipelag Galapagos został przyłączony do Ekwadoru. Nazwa Santa Maria odnosi się do jednej z karawel Kolumba. Wyspa ma obszar 173 km2 i maksymalną wysokość 640 m n.p.m., pokryta jest stożkami wulkanicznymi, których w sumie znajduje się tam ok. 50. Wyspa ta ma najbogatszą historię - przez wieki była siedzibą piratów, a następnie żądnych przygód awanturników z Europy i Ameryki Północnej. Fauna wyspy jest bardzo ciekawa - lwy morskie, dzikie osły, dzikie koty, ptaki morskie, flamingi, etc. Na wyspie można spotkać różowe flamingi, a morskie żółwie zielone składają na plażach jaja od grudnia do maja.
Nazwana na cześć prezydenta Ekwadoru, generała Leonidas Plaza. Ma obszar 0,13 km2, maksymalną wysokość 23 m n.p.m. i płaską powierzchnię, utworzoną z bloków lawowych wydźwigniętych z dna morskiego. Ciekawy wygląd nadaje wyspie roślina Sesuvium tworząca czerwony dywan we wschodniej jej części oraz liczne opuncje. Legwany morskie i lądowe występują tu w dużej ilości. Także ptaki są tu liczne - faetony i mewy widłosterne.
Nazwana od Świętego Krzyża, a angielska nazwa była nadana od brytyjskiego statku noszącego to imię - H.M.S. Indefatigable. Ma obszar 986 km2 i maksymalną wysokość 864 m n.p.m. Wyspa jest zamieszkana, a w mieście Puerto Ayora mieści się stacja biologiczna Charlesa Darwina (CDRS) i główne biuro Parku Narodowego Galápagos. W CDRS hoduje się małe żółwie słoniowe, które następnie wprowadza się do ich naturalnego środowiska. Na wzgórzach wyspy sławnych z tuneli lawy wulkanicznej rozwija się bujna wegetacja.
Pochodzenie nazwy wyspy jest nieznane. Ma obszar 27 km2 i maksymalną wysokość 100 m n.p.m. Na wyspie znajduje się główne lotnisko archipelagu zbudowane podczas II wojny światowej przez Marynarkę Wojenną USA, aby patrolować Kanał Panamski. Legwany lądowe wprowadzono ponownie, gdy rodzima populacja wygasła podczas pobytu wojsk amerykańskich. Można tu też spotkać legwany morskie i żółwie morskie.
Nazwa nadana po angielskim szlachcicu lordzie Hugh Seymour. Ma obszar 1,9 km2 i maksymalną wysokość 28 m n.p.m. Żyje tu duża populacja głuptaków niebieskonogich oraz mewy widłosterne. A także jedna z największych populacji fregat.
Nazwa pochodzi od Antonio Marchena. Wyspa ma obszar 130 km2 i maksymalną wysokość 343 m n.p.m. Myszołowy galapagoskie i lwy morskie mieszkają na wyspie.
Nazwana na cześć braci Pinzón, kapitanów karaweli Pinta - Martin Pinzon i karaweli Ninia - Vincente Pinzon podczas pierwszej wyprawy Kolumba. Ma obszar 18 km2 i maksymalną wysokość 458 m n.p.m. Morskie lwy, myszołowy galapagoskie, żółwie słoniowe, legwany morskie i delfiny łatwo tu spotkać.
Nosi nazwę klasztoru Rábida gdzie Kolumb zostawił swojego syna podczas podróży do Ameryki. Ma obszar 4,9 km2 i maksymalną wysokość 367 m n.p.m. Wysoka ilość żelaza zawartego w lawie w Rábida dają jej wyróżniający czerwony kolor. Flamingi i rożeńce białolice mieszkają w lagunie słonej wody blisko plaży, gdzie ptaki pelikany brunatne i głuptaki zbudowały gniazda. Dziewięć gatunków zięb zaobserwowano na tej wyspie.
Nazwana po Davidzie Bartholomew z brytyjskiej marynarki wojennej. Ma obszar 1,2 km2 i maksymalną wysokość 114 m n.p.m. Sławna z Pinnacle Rock, który jest najbardziej znanym punktem orientacyjnym Galápagos. Spotka tu można fantastycznie ukształtowane formacje lawy tworzące księżycowy krajobraz. Na wyspie znajdują się pingwiny Humboldta, żółwie morskie, jaszczurki lawowe, a w pobliskich wodach można spotkać rekiny. Flora to głównie kaktusy, tiquilia i przy brzegu mangrowce.
Nazwa równoważna do św. Jakuba po angielsku. Znana też jako San Salvador, tak jak pierwsza wyspa odkryta przez Kolumba na Karaibach. Wyspa ma obszar 585 km2 i maksymalną wysokość 907 m n.p.m. Można tu spotkać legwany morskie, lwy morskie, foki, lądowe i morskie żółwie, flamingi, delfiny i rekiny. Jest też jeszcze duża liczba kóz i świń - zwierząt wprowadzonych przez ludzi, które stanowią zagrożenie dla gatunków endemicznych wysp. Zięby Darwina i myszołowy galapagoskie są często spotykane.
Wyspa została nazwana na cześć Królowej Izabeli, która finansowała podróż Krzysztofa Kolumba. Obszar - 4.588 km2; jest największą wyspą Archipelagu Galápagos, a jej powierzchnia stanowi ponad połowę powierzchni wszystkich wysp. Utworzona jest przez 5 młodych wulkanów aktywnych, spośród których wulkan Wolf jest najwyższym punktem Galapagos (1707 m n.p.m.). Kształtem przypomina Półwysep Apeniński. Jest długim na 120 km grzbietem stykających się stożków wulkanicznych. Na wyspie znajduje się największa w archipelagu kolonia gigantycznych żółwi (ok. 4000), ale wcale nie tak łatwo jest je spotkać. Żyją tu pingwiny, kormorany, legwany morskie, pelikany, głuptaki, myszołowy galapagoskie, gołębie galapagoskie, fregaty, iguany morskie, manty, rekiny młoty i inne rekiny. Na brzegach kraterów wulkanów można spotkać legwany lądowe i żółwie słoniowe, jak również zięby Darwina. Trzecia co do wielkości osada archipelagu -Puerto Villamil jest zlokalizowana przy południowo-wschodnim cyplu wyspy.
Fernandina ma obszar 642 km2 i maksymalną wysokość 1494 m n.p.m. Ta trzecia, co do wielkości wyspa jest najmłodszą i najbardziej na zachód wysuniętą wyspą Archipelagu. Na wyspie znajdują się najmłodsze wulkany Galapagos. Fernandina - ma mniej niż 700 000 lat. Można tam obserwować ciekawe formacje lawowe (lawy aa i pahoehoe). Faunę stanowią kormorany nielotne, iguany morskie, pingwiny równikowe, pelikany i lwy morskie. Roślinność to głownie kaktusy i mangrowce.
Nazwa wyspy wywodzi się od niemieckiego geologa Theodora Wolf'a. Zajmuje obszar 1,3 km2 a maksymalna wysokość wynosi 253 metry. Żyją tutaj uchatki, fregaty, czerwononogie i maskowe głuptaki, mewy widłosterne, legwany morskie, rekiny, wieloryby, delfiny.
Wyspa nazwana na cześć Karola Darwina. Obszar wynosi 1,1 km2 a najwyższe wzniesienie ma 168 m n.p.m. Można na niej spotkać uchatki, fregaty, legwany morskie, mewy widłosterne, lwy morskie, wieloryby, żółwie morskie, delfiny, głuptaki czerwononogie i maskowe.
Archipelag Wysp Galapagos jest parkiem narodowym od 1959. W 1986 otaczający ocean został ogłoszony morskim rezerwatem, a UNESCO uznało wyspy za pomnik światowego dziedzictwa ludzkości w 1978. W grudniu 2001 dołączono również morski rezerwat.
Galapagos słynie z dużej liczby gatunków zwierząt endemicznych. Występują tu 22 gatunki gadów, z czego 19 jest gatunkami endemicznymi. Do najsłynniejszych należą żółwie olbrzymie i legwany morskie. To właśnie od żółwi olbrzymich wziął swoją nazwę archipelag. Żółw olbrzymi może ważyć do 185 kg i żyć nawet ponad 150 lat. Początkowo na wyspach występował jeden gatunek żółwia, a obecnie w wyniku ewolucji jest ich 15.
Wśród ssaków można wyróżnić 7 gatunków - dwa gatunki nietoperzy i uchatek, trzy gatunki szczurów. Najliczniej występującym jest lew morski, którego populacja liczy blisko około 50 tys. osobników.
Na wyspach występuje 58 gatunków ptaków, z czego 22 to gatunki unikatowe (np. kormoran nielotny). W wodach otaczających archipelag żyje 307 gatunków ryb, z czego 50 to gatunki endemiczne.
Na archipelagu nie występują płazy i ryby słodkowodne.
Niektóre endemiczne gatunki zwierząt występujące na Galapagos:
legwan lądowy, Conolophus subcristatus
legwan morski, Amblyrhynchus cristatus (jedyna jaszczurka żywiąca się w morzu)
żółw słoniowy, Geochelone elephantopus, po hiszpańsku Galapago oznacza żółwia, co dało nazwę wyspom.
jaszczurki lawowe, Tropidurus - 7 gatunków
gekkony galapagoskie, Phyllodactylus - 6 gatunków
13 endemicznych gatunków zięb, Zięby Darwina
pingwin równikowy, Spheniscus mendiculus
nielotny kormoran galapagoski, Nannopterum harrisi
myszołów galapagoski, Buteo galapagoensis
sowa galapagoska, Asio galapagoensis
drozd przedrzeźniacz, Nesomimus
Pozostałe zwierzęta występujące na wyspach:
głuptaki niebieskonogie, czerwononogie i maskowe,
faetony, faeton białosterny Phaethon aethereus,
mewa galapagoska Larus fuliginosus i widłosterna Creagrus furcatus,
albatrosy i nawałniki Hydrobatidae,
gołębie: gołębiak plamouchy Zenaida auriculata, gołębiak galapagoski (plamisty) Zenaida galapagoensis,
rybitwa brunatna Anous stolidus,
flaming różowy Phoenicopterus ruber,
rożeniec białolicy Anas bahamensis,
pelikan brunatny Pelecanus occidentalis
lew morski, delfiny, wieloryby, rekiny.
Wyspy porasta także 700 gatunków roślin, z czego 40% stanowią gatunki unikatowe. Są to przede wszystkim kaktusy (szczególnie imponujące są opuncje, będące głównym pożywieniem iguan lądowych), drzewa palo santo, mangrowce i przepiękne rośliny pionierskie, na przykład sesuvium.