Pierwsi osadnicy holenderscy przybyli na Jawę i Sumatrę na przełomie XVI i XVII w. W następnych latach zapoczątkowali oni systematyczną kolonizację wysp indonezyjskich. W roku 1602 powstała holenderska Kompania Wschodnioindyjska, która rozwijała się i czerpała zyski z eksploatacji bogactw naturalnych wysp Archipelagu Malajskiego. Holendrzy stopniowo poszerzali swój stan posiadania w tym regionie świata. Z indonezyjskich wysp nie należała do nich jedynie północna część Borneo oraz wschodnia część wyspy Timor.
Tendencje niepodległościowe Indonezyjczyków dały znać o sobie w początkach XX w., znacznie przybierając na sile w okresie II wojny światowej i okupacji wysp przez Japonię. W ich wyniku proklamowano w sierpniu 1945 niepodległość Indonezji. Holandia oficjalnie uznała suwerenność swojej byłej kolonii w 1949. W 1954 Indonezja wystąpiła z unii personalnej z Holandią. W maju 1963 przyłączono do Indonezji ostatni skrawek posiadłości holenderskich w tym regionie - Irian Zachodni, położony w zachodniej części Nowej Gwinei.
W 1966 władzę w kraju przejął generał Suharto wprowadzając system rządów autorytarnych. Pomimo niezaprzeczalnych sukcesów gospodarczych kierowanego przez niego rządu, w kraju rośnie opór przeciwko nepotyzmowi rządzącego prezydenta i stosowanym przez niego metodom. W listopadzie 1991 wojska indonezyjskie dokonały masakry demonstrantów domagających się niepodległości dla anektowanego przez Indonezję Timoru Wschodniego. Wg szacunków organizacji ochrony praw człowieka od 1975 wojska indonezyjskie zabiły na Timorze Wschodnim ok. 200 tys. ludzi.
W maju 1994 Indonezja po raz pierwszy wyraziła zgodę na bezpośrednie rozmowy z ruchem niepodległościowym Wschodniego Timoru. Objęta konfliktem wyspa jest zamknięta dla turystyki zagranicznej i inwestycji zagranicznych. W 1998 na kolejną siódmą z rzędu pięcioletnią kadencję prezydencką został wybrany Suharto. Wyboru dokonało Ludowe Zgromadzenie Doradcze bez formalnego głosowania, przez aklamację. Połowę członków Zgromadzenia mianował sam prezydent, pozostali należą w większości do prezydenckiej partii Golkar. W tym samym roku ustąpił ze stanowiska na skutek nieustających protestów społecznych.
Jego następcą został Bucharaddin Jusuf Habibie. 5 V 1999 Indonezja i Portugalia podpisały porozumienie przyznające Timorowi Wschodniemu prawo do samostanowienia. Od tej pory Timor znajdował się pod administracją ONZ. 30 sierpnia 2001 odbyły się pierwsze w historii Timoru Wschodniego wybory parlamentarne. Oficjalne ogłoszenie niepodległości Timoru Wschodniego miało miejsce na początku 2002. 20 X 1999 nowym prezydentem Indonezji został Abdurrahman Wahid. 23 VII 2001 Doradcze Zgromadzenie Ludowe odwołało prezydenta Abdurrahmana Wahida, zarzucając mu niekompetencję i korupcję. Na jego miejsce powołano dotychczasową wiceprezydent Megawati Sukarnoputri.
